Le choix des langues dans les PEL et les langues à utiliser dans le travail avec le PEL est une question importante. Si le PEL utilise uniquement la langue maternelle (disons, le tchèque), comment cette langue peut-elle être comprise, par exemple, dans l’université allemande où le propriétaire du portfolio demande son entrée? Est-ce qu’on règlerait le problème, si on utilisait les langues qui sont enseignées dans le contexte spécifique? Pourtant, si l’on appliquait la politique du Conseil de l’Europe à l’égard des langues des minorités et des migrants, le nombre de langues augmenterait énormément (dans certains états membres, il pourrait y avoir jusqu’à 50 langues maternelles dans une même école). Quant à la question de la langue à utiliser dans le travail avec le PEL, comment les élèves débutants et intermédiaires pourraient-ils discuter à fond de leur progrès dans la langue cible? Et si l’on ne peut pas utiliser la langue cible, est-ce que cela entraîne une diminution de l’usage de cette langue dans la salle de classe?